OI gente, tudo bem?
Realmente tem alguns programas para animação profissional em 2D, tem o Xara, o SoftImage Tonnz, esse que o Rafaeu indicou, mas os artistas estão migrando para 3D, como o Daves perguntou, é mais fácil sim, é muito mais fácil animar e trabalhar, mas só depois que domina completamente os programas envolvidos e as técnias, e isso é muito mais complicado do que as técnicas envolvidas em 2D, então se colocar um cara que manja de 2D e outro que manja de 3D, os dois com os recursos necessários, certamente o que manja de 3D termina muito antes o trabalho, por isso estão migrando para 3D.
E veja que desenho em 3D não tem nada a ver com Nemo e coisas da Pixar, hoje é perfeitamente possível fazer em 3D e renderizar ficando idêntico a um desenho antigo do picapau por exemplo, ou do Pateta, ou parecendo grafite, ou parecendo oleo sobre tela, pode fazer um render de uma cena 3D simulando qualquer tipo de técnica de pintura 2D com perfeição.
Abraços