existe mais de uma maneira de se fazer isso. uma coisa comum em todas as formas é desmarcar a opção apply to whole mesh (aplicar na toda malha). fazendo isso, vc limita a ação do modifier às faces selecionadas no mesh. o que acontece às vezes é de vc querer aplicar mais de um meshsmooth, em diferentes partes do objeto, com mais ou menos iterações. então , nesse caso, vc tem que adicionar um modifier mesh select (Seleção de Malha) antes de cada meshsmooth. esse modifier serve, como o nome diz, para selecionar partes da malha, restringindo a ação de cada modifier à parte selecionada. depois é so aplicar o meshsmooth sempre com a opção apply to whole mesh desmarcada, caso contrario aplicara no objeto todo.
Um abraço!!!