Daniel,
Se eu não me engano, quando vc separa os objetos e envia ao ZBrush, ele os considera como grupos separados.
Eu acho que vc pode mandar o objeto inteiro. É muito melhor. O Zbrush é feito pra isso mesmo. Só separe os objetos caso eles sejam de fato separados, como cabeça e olhos, por exemplo.
Outra coisa: nunca mande um objeto complexo, um projeto em que vc for trabalhar mesmo, sem antes fazer testes pra ver se aquilo que vc tem em mente vai funcionar mesmo. Se vc tivesse feito um objeto teste, simples, já constataria esse problema e não teria perdido tempo num modelo complexo. Costumo sempre testar antes pra evitar isso. É só uma sugestão, ok?
Grande abraço,