Bom, para o After Effects eu nao conheço nada que funcione nesse sentido.
Os softwares que tem alguma compatibilidade com 3d (cameras, malha e luzes 3d) são o Fusion e o Nuke. O Flame e o Inferno da Autodesk também funcionam bem, porém nao são acessiveis para todos.
O formato que eles trabalham é o FBX, que vai muita coisa, mas nada é perfeito né ? Nao vai material de Mental Ray , nem Vray e etc. Somente os materiais default do max. Luzes fotometricas, Mr e etc tbm nao vão.
Modificadores também nao funcionam, somemte o uv das malhas vão. Se tiver skin, morph e etc esquece que nao funciona.
A utilidade é grande dessa função, voce pode interferir, na composição, usando a cena que foi gerada em 3d, dependendo do que voce quer fazer é perfeito.
Mas, senao for algo imprecindivel pra vc tenta renderizar em passos seu render, com alpha (como já disseram).
Vlw !!!