Oi Joucoski, tudo bem?
É bem simples fazer isso, cria círculos em torno das esferas que formam o núcleo do átomo, e cria esferas menores para serem os eletrons, usando o Path Contraint aplica essas esferas nos círculos, elas vão usar os círculos como caminho para dar a volta em torno do núcleo.
A velocidade vai depende de quantos quadros tem na animação, se estiver com 100 quadros elas vão levar um pouco mais de 3 segundos para dar a volta completa.
Habilite a opção de Motion Blur na câmera ou na janela Properties, clicando com o botão direito sobre o objeto, assim vai formar a cauda no render, ela vai depende da velocidade das esferas.
Abraços