nao sou expert em 3D estereoscópico mas vamos la.
Filmes ou jogos em 3D são feitas com duas imagens diferentes, gravadas com duas lentes, uma grava para o olho direito e outra para o olho esquerdo, o projetor (ou televisão), transmite as duas imagens juntas em 60mhz cada (por isso é necessario uma televisão com frequencia = 120mhz, 60 para cada olho), os oculos 3D filtram cada uma das imagens, a lente esquerda filtra a imagem permitindo que apenas a gravaçao da imagem esquerda seja visualizada, a mesma coisa serve para o direito.
No final é tudo uma ilusão de ótica.
Os filmes em 2D convertidos são apenas um "quebra galho", ou seja, eles pegam a mesma imagem, dão algum tipo de deslocada nela, tratamento e efeitos, e passam separadamente para cada olho, a unica diferença eh que um filme gravado em 3D, voce tem 2 angulos distintos, um para cada olho, no 2D convertido voce tem a mesma imagem para os 2 olhos, apenas posicionadas diferente para cada olho, e dar a ilusão de 3D.
As proprias tv's 3D de hoje em dia tem uma opçao que simula o 3D para imagens comuns fazendo uma coisa semelhante, mas nunca que a qualidade vai ser a mesma de alguma coisa gravado em 3D.
Espero que tenha ajudado e ficado claro.
Abraços!