Então, é isso mesmo, se vc tem um projeto em 29,97 e um footage em 30fps ele vai bater mesmo.
Uma forma fácil de resolver é clicar com o botão direito no arquivo no project e dar um interpret footage. Ali vc coloca pra ele reconhecer o arquivo como 29,97fps e aí não vai bater mais, o interpret é pra vc avisar o after qual o frame rate e outros parametros do arquivo.
Uma dica: em vez de criar uma composição vc pode importar o arquivo e arrasta-lo pra timeline, assim a composição será criado no tamanho e frame rate igual ao arquivo.
E se fizer um time stretch vc pode tentar mandar ele interpolar os frames usando o frame blending pra não bater também, é uma opção do layer, da uma pesquisada.