Oi Psyny, tudo bem?
Na época do Contest eu publiquei uns tutoriais explicando alguns efeitos deste tipo para ajudar o pessoal, você pode ver ainda lá no fórum do Contest, o link para os tópicos são:
Como fazer espuma no casco do navio
http://www.tresd1.com.br/forum/phpforum/viewtopic.php?t=6061
Como fazer um mar em 3D
http://www.tresd1.com.br/forum/phpforum/viewtopic.php?t=6060
Essas coisas sempre são com partículas e demoram bastante para render mesmo, pode usar as vezes um Gizmo com Volume Fog e outras gambiarras, mas só com partículas fica perfeito.
Sobre a onda tipo tubo, se é apenas uma imagem parada e não uma animação a melhor forma de fazer é modelando em Poly, aplicando um Displacement e efeitos com partículas.
Abraços