Oi Rafaelgv, tudo bem?
Dá uma lida nos tutoriais de Edit Mesh na Três D1 que vão te ajudar muito.
O exemplo do Granella é muito bom, mas só funciona nesta situação, onde tem uma linha de vértices, se tivessem duas linhas já teria problema, porque juntaria todos, se estivessem desalinhados em 3D também teria problemas zerando o Scale.
Para este fim tem uma ferramenta antiga e muito útil, tanto no Edit Poly como no Edit Mesh, o View Align, basta selecionar todos os vértices que deseja, depois selecionar a vista que deseja alinhar e clicar no View Align, todos os vértices serão alinhados perfeitamente de acordo com essa vista, pode usar o Grid Align também, baseando-se no World Grid ou em qualquer User Grid que criar.
Abraços