Oi Jeozadaque, tudo bem?
Já faz uns bons anos que não uso o Z-Brush e não estou com ele instalado aqui no momento para pegar imagens para te mostrar, mas é bem simples.
Na minha opinião essa interface diferente que inventaram foi o maior erro deles, tudo bem que depois que você pega o jeito é gostoso de modelar, mas não precisavam ter mudado tanto os conceitos básicos.
O File > Save no Z-Brush não serve para nada, apenas salva as configurações do projeto, o Mesh se transforma em canvas e não dá mais para editar.
Para salvar o modelo 3D você precisa usar o Save que tem dentro do painel Tools, logo o primeiro do lado direito, nele tem um botão Save que vai salvar no formato do Z-Brush e dai vai exibir o modelo como um ícone no painel Tools, assim, é só clicar nele e clicar e arrastar na Viewport para ter o modelo 3D editável novamente.
OBS EDITADO: Estou enferrujado mesmo de Z-Brush, fui olhar uma imagem da interface na internet e não tem o botão Save no painel Tool, o nome correto é Export, como marquei em azul na imagem em anexo, clicando no Export você salva o objeto 3D.
Abração e tudo de bom.
André Vieira