E se vc juntar todas essas arvores num só objeto, e então selecionar com Poly/Vol.Select apenas a parte da copa pra cima, com soft selection, e então depois aplicar um noise fraco, com scale grande e sem componente em Z (ou com o componente em Z bastante enfraquecido)..?
Dessa maneira imagino que já mexa tudo e tal, o que não vai ocorrer seria as folhas \'girando\' com o vento.. Mas como o noise é 3d vai mover as folhas mesmo q estejam no meio do mesh \'arvore\'..
Conservando esses modifiers em stack, se vc selecionar, depois disso, só o Material ID das folhas, e fizer novamente o Poly Select, só q desa vez sem soft selection, e novamente aplicar o noise, então as folhas teriam incremento na animação com relação à animação do corpo da arvore...
Testa dessa maneira.. Parece simples.. Tem outros jeitos como por exemplo gerar uma hierarquia pra arvore, aí então daria pra proceder realmente de muitas maneiras, etc.. Daria também pra gerar uma spline por arvore e controlar a arvore com a spline, etc..
A Beleza está entre a Ética e a Razão!..