Oi Edvan,
Abaixo segue a resposta do André.
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Oi, tudo bem?
Veja só, tudo depende do que você pretende fazer com o boneco (Mesh), pois se for levar de volta para o jogo tem que ver como o jogo exige que seja feita a configuração dos ossos (Bones) e do Skin.
Se o objetivo é só alterar a textura e você consegue extrair a textura do jogo, é melhor editar no Photoshop e devolver para o jogo.
Mas se também editou a malha 3D do boneco, precisa refazer o Skin, porém, pode manter os mesmos ossos se eles forem compatíveis com a nova forma ou editar os ossos para reajustar na nova forma do boneco.
Neste caso eu sugiro que use o mesmo esqueleto e edite os ossos para evitar problemas na exportação para o jogo.
Note que Dummies, objetos normais e Bones são quase a mesma coisa, quando linca um no outro todos funcionam como esqueleto, mas os Bones possuem mais recursos, então, você pode adicionar os Dummies no Skin igual adicionou os Bones.
Porém, normalmente os Dummies são usados para controlar os Bones e não como ossos, mas se tiver um Dummy que funcione como osso, por exemplo na pélvis, você pode e deve adicioná-lo no Skin.
Agora, se não vai devolver o boneco para o jogo e deseja animá-lo no 3ds max, então, certamente é melhor descartar o esqueleto que veio do jogo e criar um novo com as configurações que precisa para animar com desenvoltura no Max.
Neste caso você poderá escolher entre 3 sistemas diferentes, pois o 3ds max oferece 3 sistemas de animação de personagens, o mais compatível com tudo e que permite configurar tudo que imaginar é usando Bones, mas para personagens humanos você tem o Biped, que facilita bastante em certos aspectos da animação, apesar de limitar em outros, ainda tem o CAT, que é um Biped avançado que pode fazer qualquer tipo de esqueleto e oferece diversas facilidades para animação.
Especificamente sobre o problema que relatou com os ossos e o modificador Skin, é normal o Mesh não se comportar corretamente logo que aplica o Skin e adiciona os ossos, porque precisa configurar a força de influência de cada osso em cada vértice da malha do objeto.
Basicamente isso é feito através de envelopes, que são capsulas coloridas que definem até onde vai a influência de um osso, então, quando aciona o botão Edit Envelopes no início do painel do Skin e clica num osso, aparece o envelope que é uma capsula em torno do osso, ao mesmo tempo aparecem cores nos vértices do objeto.
Onde for azul o osso não afeta, onde for vermelho o osso afeta totalmente e nas áreas amarelas acontece a transição entre os dois.
Clicando no círculo das capsulas você pode aumentar e diminuir para controlar a influência dos vértices, a capsula vermelha normalmente fica menor do que a capsula marrom, pois na distância entre elas que ficam os vértices amarelos da transição.
Então, imagine um cotovelo, a capsula vermelha vai parar um pouco antes dele no osso do ante-braço e a capsula marrom vai passar um pouco para cima do osso do braço, assim, os vértices amarelos vão ficar no cotovelo e os vértices vermelhos no ante-braço.
Agora, isso é o básico do básico, para realmente ficar bom precisa refinar o peso dos vértices nas juntas ou usar outros métodos como o Dual Quaternion.
Se precisar de uma referência sobre o modificador Skin, poderá encontrar nestas páginas:
http://docs.autodesk.com/3DSMAX/16/ENU/3ds-Max-Help/index.html?url=files/GUID-9596F6EF-3569-44F2-8D6C-6EB58C30BEDD.htm,topicNumber=d30e253456
http://www.3dmax-tutorials.com/Skin_Modifier.html
Este vídeo tutorial ensina o processo de Skinning, mas usa como esqueleto o sistema CAT, então, também pode ser bom para você conhecer este outro sistema: http://www.tresd1.com.br/noticia/64085
Este vídeo tutorial ensina a usar o Voxel Solver disponível no 3ds max 2016 Extension 1, que facilita o ajuste do peso dos vértices: http://www.tresd1.com.br/noticia/64314
Neste link tem um tutorial e um Script que ajuda a ajustar o peso dos vértices interativamente com o modificador Skin de qualquer versão: http://www.tresd1.com.br/noticia/63796
Uma das formas de ajustar juntas complexas com o Skin é o modificador Skin Morph, este tutorial explica como usar: http://www.tresd1.com.br/noticia/62604
Quando falo de juntas complexas imagino uma asa de dragão, por exemplo, para juntas normais não é a melhor opção.
Este tutorial ensina como fazer um Rig personalizado com o CAT e exportar para a Engine de Game Unreal: http://www.tresd1.com.br/noticia/63087
E este é um bom vídeo de introdução ao sistema CAT, também explica como aplicar e configurar o Skin, além de animar por um caminho: http://www.tresd1.com.br/noticia/63051
Abração e tudo de bom.