Murcegão, minha opinião é um pouco diferente das demais. Você precisa de 2 HDs: 1 para windows 100 GB (NTFS) e, por segurança (experiência própria), os dados de clientes devem ficar num HD separado (NTFS) ideal 120 GB ou mais, as DMAs tem que estar configuradas para Modo UltraDMA - o número vai depender da placa e do HD - (nunca use PIO) para que a transferência áudio-vídeo fique constante e de acordo com uma workstation.
Em relação a particionamento, concordo com Evilwata, precisa do Linux ou o Part, que fazem muito bem o trabalho, porque o windows não faz muito legal. Não usar FAT32 em lugar nenhum. Outra coisa, se puder, use uma máquina simples para acesso à net e download, com avast instalado. Lembre que na sua workstation não deve estar instalado o antivirus, porque ele trava bastante o desempenho do windows. Use antivirus somente na máquina simples de acesso e downloads. É mais seguro que plugar sua workstation na net. Siga esse conselho, e boa sorte. Um abraço!
Alma, força, paixão e trabalho.