A alocação de dados é feita melhor pelo NTFS (New Technology File System), as trilhas FAT (File Allocation Table) são sistemas mais antigos e ultrapassados, e deixam "espaços" vagos nos clusters desnecessariamente, tanto FAT16 como a FAT32 possuem limitações, baixa segurança, precisam beeeeeeem mais de desfragmentação, pois os dados apagados deixam espaços vagos inuteis no disco, que só podem voltar a serem utilizados depois da desfragmentação. A FAT16 só aceita até no máximo 2GB a partição, na FAT 32 tem a limitação de apenas 32GB a partição (pode-se usar espaço maior, mas fica bem mais lento), os arquivos não podem ultrapassar mais de 4GB menos 1.
Então, acho viavel se utilizar elas apenas se for precisar colocar outro SO na máquina, ou seja, versões mais antigas do Windows, senão acho melhor deixar tudo como NTFS.
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