Oi Jefferson, tudo bem?
Desculpe a demora para responder, eu não sou especialista em Hardware, mas no site da Nvidia não aparece a opção de SLI na GTX 1060 igual aparece na GTX 1080, então, acho que não poderá ligar duas em paralelo.
De qualquer forma, a GTX 1080 tem 2560 Cores CUDA e a GTX 1060 tem 1280, exatamente a metade, porém, certamente é mais rápido todos os Cores juntos do que meio a meio interligados por SLI.
Além disso, o Clock da 1060 é levemente inferior ao da 1080, mas teria a vantagem de somar 12 GB de memória com duas 1060, enquanto a 1080 terá 8 GB.
Só que a velocidade da memória e a largura de banda são maiores na 1080 do que na 1060, então, são memórias mais rápidas e a transferência de informações entre a placa e a memória também é bem mais rápido, quase o dobro.
Sendo assim, a única vantagem que teria com duas 1060 seria a quantidade de memória, mas é provável que não seja possível ligar duas 1060, olha as especificações completas no site da Nvidia:
https://www.nvidia.com/pt-br/geforce/products/10series/geforce-gtx-1060/Abração e tudo de bom.
André Vieira