Oi Franklin, tudo bem?
Tudo no Max tem que ter nome, só assim evitará problemas e também te facilitará muito a vida no gerenciamento e na manipulação dos objetos.
Ele vai dar essa mensagem tanto quando tiver materiais com o mesmo nome na cena como quando tiver objetos com o mesmo nome.
Se você der Skip ele não importa o modelo, se der merge ele importa com o mesmo nome e boa.
Mas na hora dos materiais não pode fazer isso, tem que escolher se usa o material que já está na cena ou o que está sendo importado, então, vai trocar todos os materiais da sua cena em qualquer uma das opções.
Tem que renomear o material naquela janelinha e só depois dar Merge, porque ele renomeia e importa, sem modificar o que já tinha e o que está importanto.
Abraços