Oi Cursi, tudo bem?
Acontece o seguinte:
As portas e janelas abrem os buracos por meio de links, cada link que é feito na parede, uma nova operação booleana é criada.
Então, quanto menos operações forem efetuadas na mesma parede, menor a chance de ter problemas, por isso é melhor lincar todas as portas e janelas de uma vez só.
Também não é bom lincar uma porta ou janela numa parede e depois fazer cópias dessa porta ou janela para lincar em outra parede, pode dar problema.
O ideal é você criar e posicionar todas as portas e janelas nas paredes sem lincar, depois que todas estiverem no lugar certo, você linca tudo de uma vez só.
Mas seja como for, se você selecionar todas as portas e janelas, usar Unlink para desfazer o link e lincar novamente, é para funcionar.
As portas e janelas não se moverem mais é muito estranho, a não ser que teclou Espaço com elas selecionadas, neste caso, elas ficarão travadas.
Veja se o cadeadinho abaixo das Viewports não está habilitado, é a barra de Espaço que habilita ele.
Abraços