Oi artmultimidia, tudo bem?
É mais estranho ainda então, porque se o Alpha está no arquivo, ele normalmente fica perfeito com a imagem colorida.
Mas pode não estar perfeito, então, é bom olhar no PhotoShop para ter certeza, é fácil, é só selecionar o canal Alpha com a tecla CTRL, assim, vai criar uma seleção na imagem baseada no Alpha e poderá ver se está certo com a imagem RGB.
Ainda pode fazer um canal Alpha separado, como o Supermax disse, pode inclusive usar o canal Alpha da imagem para copiar e colar em outro arquivo, deixando ele separado.
Agora, seja como for, para ficar certo você tem que habilitar também a opção Alpha As Gray no menu Bitmap, mas você não habilitou.
A melhor forma de resolver é editando o canal Alpha mesmo, tanto faz se está dentro ou fora da imagem, no PhotoShop você pode modificar o canal Alpha a vontade.
Abraços