Cara, o jeito que dá certo e fica bom chama experiência, não é fácil fazer isso ai e depende muito também da forma que capturou o vídeo, vídeo de baixa qualidade com codec de compressão fica ruim de trackear, o programa se perde no tracking e já vem errado pro max.
Se tudo tiver certo, se vc sabe mexer bem no boujou e mascarou tudo que pode atrapalhar o tracking, se tem certeza que o tracking está correto, a única opção que resta é ajustar a escala da maquete aos pontos do tracking, porque o thunndro disse que não pode mudar a escala dos pontos e da câmera.
Se vai usar a maquete em outra coisa depois, tira uma cópia do arquivo na escala atual pra usar depois!!!