Ai Logan, isso já aconteceu comigo quando eu deixava mais de um snap ligado, deixa só o vertex pra ver se acontece.
É estranho dar problema em um desenho importado do CAD e no outro não, pode ser algum erro de conversão de escala na hora de importar.
Vc está movendo o arquivo no AutoCAD para o centro, perto das coordenadas 0,0,0?
É bom fazer isso pra diminuir a taxa de erro, quanto mais distante do centro do Max maior é o erro na precisão.
Mas na boa, esse jeito que vc está querendo fazer é muito difícil, não precisa criar as linhas de novo para extrudir e nem precisa extrudir.
Vc pega o wall, liga o snap e contorna as paredes da planta baixa, é mais fácil e depois vc abre os vãos automaticamente lincando as portas e janelas na parede.
As vídeo aulas de modelagem de maquete aqui do site são ótimas, acho que vai te ajudar muito a melhorar e agilizar o trabalho.