Vc é cadista? No max é diferente, as cores não são usadas para selecionar os objetos, elas são só pra dar cor no wire.
Não precisa aplicar os materiais pelos layers, seleciona o objeto na vista e clica no icone assign material to selection, ou arrasta o material até o objeto.
Eu acho que vc está importando errado pro max, escolhendo by color na importação e ai complica.
No autocad vc cria layers conforme os materiais e coloca no mesmo layer os objetos que vão ter o mesmo material.
Na importação no max vc marca by layer e dai cada layer será um objeto, quando aplicar o material vai pegar em todos os objetos que vc colocou naquele layer no autocad.