Luciano,
Eu trabalho da seguinte maneira: Depois de separar o objeto por ID, eu seleciono cada parte que eu quero mapear usando o modificador Poly Select. Dentro das suas propriedades, eu seleciono por Polygon, e mais abaixo tem o parâmetro Select by Material ID, onde vc seleciona o número do ID (por exemplo 1) e depois clica em Select. Ao fazer isso ele vai selecionar as faces, e em seguida eu coloco o UVW em cima dele. Feito o mapeamento, eu coloco outro o modificador Poly Select sobre ele, seleciono Polygon, e em Select by Material coloca ID 2 e clica em Select. Novamente coloco outro UVW sobre ele. Repita o processo até mapear todo o objeto.
Eu gosto de trabalhar de forma mais organizada, então eu ja crio o Material com Multi/Sub-Object na quantidade exata de IDs, para não haver confusão...
Boa sorte!
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