No photoshop eu sei alguma coisa só pra matar a fome, he, he.
Mas dá pra fazer assim ó:
Seleciona com carinho toda a parte que tu não quer, tipo uma árvore, seleciona ao redor, acrescenta mais seleções se ela tem alguma parte vazada dentro, dependendo pode demorar um pouco. Com o alt + delete tu preenche toda essa parte de preto.
Dá um ctrl x, e dá um ctrl n que cria um novo arquivo exatamente do mesmo tamanho da parte recortada, dá um ctrl v. Salva como árvore 01 opacidade.
Volta no arquivo que tem as seleções, inverte a seleção (selection - ivert), aí vai ficar a árvore em si. Dá um ctrl x, e dá um ctrl n que cria um novo arquivo exatamente do mesmo tamanho da parte recortada, dá um ctrl v. Salva como árvore 01 difuse.
Se tem uma maneira mais fácil eu não sei, mas faço assim.
Abraço