Normalmente as pessoas usam o Multi/Sub-Object e Material IDs para aplicar múltiplos materiais no mesmo objeto, é uma ótima opção quando a divisão entre os materiais pode ser bem brusca e definida, pois cada face recebe apenas um material.
O artista Gvido Murnieks publicou este ótimo vídeo tutorial para ensinar como fazer essa mesclagem de múltiplos materiais de forma suave, sem apresentar divisões bem definidas, usando o recurso de Vertex Paint do 3ds max.

http://vimeo.com/43660685