Oi Estrazulas, tudo bem?
Com os dois métodos é fácil de fazer e consegue bom resultado.
E mesmo que mapeie com multiplos UVW Map, você pode aplicar o UnWrap em cima só para tirar a imagem da malha aberta, dispensando o uso do Texporter.
A questão é que eu acho mais trabalhoso fazer com o Unwrap do que com múltiplos UVW Maps.
Porque no Unwrap sozinho, você terá que editar a malha aberta para ficar correta.
A não ser que você use o UVW Map que está embutido no Unwrap, para mapear essas partes e depois abrir a malha, ou seja, seria o mesmo procedimento explicado no tutorial, mas feito com os UVW Map do Unwrap.
Então, dá na mesma.
Sobre a ordem dos procedimento.
Sempre deve aplicar o mapeamento no modelo em LowPoly, depois vem o Skin e só depois vem o Mesh Smooth para suavizar a malha.
Se aplicar o mapeamento por último não vai dar certo, quando uma parte do corpo se mover, o mapeamento continuará estático.
Mas só deve mapear depois que estiver tudo modelado, porque se mapear e mexer no modelo, essa área que mudou ficará com problemas no mapeamento.
Sobre mapear um ID e depois, quando vai mapear o outro, o anterior fica distorcido, eu explico isso no tutorial.
Durante o mapeamento o Max só vai mostrar um canal por vez para você na Viewport, portanto, é normal que o mapeamento anterior pareça errado, mas está certo, só está sendo mostrado pelo canal do outro mapeamento, no final, quando renderizar vai sair certo.
Abraços