Olha só não importa o lugar que vc vvai salvalas contanto que vc indique o caminho certo dentro do max está ok.
Eu tenho um costume, eu não gosto de salvar as minhas bibliotecas dentro das pastas do max. Já imaginou se vc pega um virus, ou tenha que formatar o seu pc, vc vai ter que apagar tudo que tiver no c:, e ai pra não perder as suas coisas que estão todas dentro das pastas do max, vc vai er que catar tudo fazer um backup e depois largar lá denovo (trabalheira danada heim), mas e se por acaso o dano for grande e vc não consegueir nem acessar o c: da sua máquina, então ai vc vai perder tudo o que vc tinha.
Hoje em dia como os Hds são grandes, normalmente eles são particionados. Eu costumo salvar todos os meus arquivos, de modelos, texturas, ies... Dentro de uma pasta chamada Biblioteca, e dentro dela esta tudo separado por categorias, tais como, modelos, texturas, ies... e por ai vai. Pastas como a "texturas" eu subdividi em outras categorias como, madeira, tijolo...
Dessa maneira fica fácil de encontrar qualquer coisa e os meus arquivos estão sempre protegidos, pois essa pasta biblioteca não esta na mesma partição do sistema ou seja no c:, ele deve ficar em uma particição secundária, assim vc nunca precisa mexer nela se tiver que formatar a máquina.
But... cada um tem suas preferências, alguns gostam de passar trabalho outros não. :D