Oi Leo, tudo bem?
Você não deve estar conseguindo soldar os dois vértices porque tem um polígono no meio.
Se quiser unir dois box soldando um lado deles, não vai dar certo até apagar o polígono que está nesses lados que serão soldados.
Se não tiver nenhum polígono no meio, pode selecionar os dois vértices e clicar em Weld. O valor do Weld tem que ser maior do que a distância entre os dois vértices para soldar.
Mas se for apenas dois vértices mesmo, é melhor selecionar os dois e clicar no botão Collapse do Edit Poly ou do Edit Mesh, assim, eles serão soldados independente da distância entre eles.
Essa questão de qual sistema é melhor não tem muito haver, como o Feitosa disse, porque os dois sistemas são na verdade o mesmo.
Não existe Poly, só existe Mesh, Poly é uma ilusão no Mesh para facilitar a modelagem, só isso, como eu expliquei num tópico de outro leitor essa semana ainda.
O link para o tópico é http://www.tresd1.com.br/viewtopic.php?t=18370
Na questão da solda de Sub-Objects, os dois trabalham iguais, os dois tem o Weld e os dois tem o Collapse, ambos tem as mesmas funções em Poly e em Mesh.
Abraços