Oi Mode, tudo bem?
Entendi perfeitamente o que deseja fazer e pela imagem criada no PhotoShop, o fundo está transparente numa boa.
O problema é que eu não conheço este soft que está usando.
Ele não aceitou que colocasse duas camadas, será que não tem uma opção clicando com o botão direito para adicionar uma camada nova?
As vezes eles escondem as coisas em menus no botão direito sobre áreas do programa.
Ou veja se tem alguma opção chamada Matte, Set Matte, Luminance, Apha.
Essa opção para fazer valer a transparência vai ter um nome destes ou parecido com eles.
Você já tentou o Encore da Adobe, eu não conheço, mas só de ser da Adobe, certamente tem um sistema mais amigável, mais parecido com o que estamos acostumados a usar no Premiere e PhotoShop.
Abraços