Não sei se compreendi perfeitamente sua duvida, mais eu uma produção profissional, como as q os caras da Blur ( q mandam mt bem ) fazem, são usados mais de um programa, cada um com suas funções e facilidades.. não dá p/ listar que funções e facilidades são essas, por que eu escreveria exaustivamente sobre isso, e p/ um leigo continuaria parecendo vago, você deve entender que cada tipo de programa é usado em etapas diferentes de uma produção, o 3ds max por exemplo, assim como o Maya, Cinema 4D e etc. são programas "chave" em animação 3d ( no caso dos Simpsons não devem ser mt uteis, pois Os Simpsons são desenhos 2D, daí acho q o Toonz é uma referencia )... Enfim, leia sobre os programas na seção de Programas da 3d1, lá explica muito bem o que procura.
abraço.