Oi Criacaoi7, tudo bem?
Apesar dos programas de edição aceitarem diversos formatos de vídeo, normalmente só usam dois, ou AVI ou MOV, e mesmo assim, dependendo muito da compressão usada no vídeo, pois dependendo da compressão, nem tem como editar.
Só dá para editar com boa qualidade vídeos com baixa compressão ou então, vídeos comprimidos pelo hardware do equipamento, no caso de ter placas de vídeo e HD dedicadas para edição.
Mas seja como for, não é para dar problema, se conseguiu editar o vídeo, então, exportar é o mais fácil, mas deve exportar com uma configuação adequada para não dar soquinhos depois na exibição, isso acontece quando exportou com qualidade alta demais.
Ainda poderia exportar em AVI sem compressão, como o Supermax indicou, e depois converter para MPEG em qualquer conversor, o TMPEG é o melhor.
Abraços