Oi Fly, tudo bem?
É possível fazer Rig em cima do Biped e inclusive é o certo, porque animar com o Biped puro é muito limitado e chato.
Para o Biped se tornar poderoso tem que incrementar com Rig e Bones convencionais, mas não vai substituir os controladores automáticos do Biped, pois é impossível como o Feitosa disse, você vai incrementar em cima com Bones e rig.
Mas é muito mais difícil "rigar" o Biped do que Bones, porque o Biped tem restrições e limitações, pois usa controladores próprios em certas partes.
Para "rigar" um Biped tem que manjar bem de Rig, é bom ter "rigado" muitos personagens com Bones antes.
Agora, sobre o controlador, pelo que descreveu o erro está na forma de fazer, não é assim que se faz normalmente.
Não vai usar um conrolador para girar o braço, porque não precisa, o braço você vai mover normalmente pela animação selecionando um objeto ou um Dummy.
Quando mover ou rotacionar este objeto, o braço vai se mover ou rotacionar.
Este controlador costuma ficar no punho do braço.
Agora, essa parte de rotação do braço não é simples, para ficar bom tem que usar Wires para rotacionar aos poucos, porque quando gira o controlador, quem gira mesmo é a mão, não o braço.
O ante-braço precisa girar aos poucos a partir da mão para se encaixar corretamente no cotovelo.
Aqui na 3D1 tem dois tutoriais que explicam justamente isso.
Um deles é este: http://www.tresd1.com.br/conteudotutoriais.php?t=22508
O outro é este: http://www.tresd1.com.br/conteudotutoriais.php?t=24271
Se não conhece bem Wire e Expressions, leia este tutorial que vai ajudar muito: http://www.tresd1.com.br/artigos.php?t=15385
Abraços