Oi mmartins, tudo bem?
É uma pena ter que passar por estes problemas, mas isso acontece com o V-Ray, é normal aparesentar problemas em algum recurso numa versão e não apresentar em outra.
O 3ds max 2008 trabalha perfeitamente com Multi/Sub-Object, se está acontecendo algum problema com certeza absoluta é por causa do V-Ray e não por causa do Max 2008.
Não é boa idéia usar um Max novo sem ter Service Pack ainda, mas neste caso não é Bug do Max 2008 não.
O problema de partir para uma versão tão recente, ainda mais usando um render de terceiros que não é totalmente compatível com os recursos do Max, é que você não poderá voltar atrás.
Não tem como abrir o projeto do Max 2008 numa versão anterior, o máximo que pode fazer é exportar a malha, luzes comuns e câmera pelo formato FBX, mas terá que configurar tudo de novo quando importar no Max 9.
Pode ser que numa versão mais antiga não tenha o problema com Multi/Sub-Object que você relatou, o problema é que estas versões não são compatíveis com o Max 2008, acho que só a 1.5 que é e ainda depende do Service Pack 1 do V-Ray, porque o 1.5 puro não é totalmente compatível e dá problema com o Scene Explorer do Max.
Se as versões antigas fossem compatíveis você poderia tentar instalar uma versão mais antiga no Max 2008 para testar, mas creio que não vai funcionar.
Abraços