ai cara, faz a maior cara que eu não uso o Premiere, mas quando eu usava tinha que colocar um filtro na timeline para poder usar o Alpha, ele não aparecia do nada.
Ficava até uma barrinha vermelha em cima da timeline onde tinha este filtro, ele era aplicado clicando com o botão direito sobre a timeline e escolhendo video properties, se não me engano.
Ai abria uma janela para escolher o tipo mesclagem, tinha alpha, luminance, matte e mais um monte, dava para ver o preview numa janelinha.
Não sei como está hoje, mas é estranho ele abrir da forma que vc falou
Se é para compor com outras imagens ou vídeos, é muito melhor fazer isso num composer do que num editor de vídeo.
O Premiere é só para cortar o que sobrou e colocar áudio.
Se tiver que fazer qualquer composição, é melhor usar o after