Não sei se te ajuda, e o processo pode ser um pouco braçal, mas me ajudou quando recebi modelos em formato 3ds de outros aplicativos, o que pode gerar uma infinidade de problemas na malha:
Se os polígonos estão intactos, eu já converteria em editable poly. Selecionaria todos os vértices e aplicaria um WELD, com valor bem baixo, apenas para soldar os vértices, que porventura estejam sobrepostos ou muito perto, com CUIDADO, para não provocar pequenos estragos na malha.
Se os polígonos estão com 4 lados como disse, deve também ter vários edges loops "intactos". Eu selecionaria vários edge loops que podem ser retirados para otimizar a malha (tendo cuidado para não retirar loops estratégicos). Se algumas áreas apresentarem malha facetada devido a este procedimento, selecionaria-as e aplicaria um autosmoth (45º).
Isso não faz milagres mas pode ajudar.
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