No Zbrush vc pinta direto no vertice(polypaint) e a resolução do mapa depende do numero de poligonos, que é limitado pela quantidade de memoria ram. Ele tem ferramentas de brushes melhores e integraçao mais robusta com o Photoshop. Ele não pinta em camadas e o sistema de projeção é bom mas é cheio de frescura. Outra coisa interessante no Zbrush 3.5 é o novo sistema de noise, que pode ser usado tanto na pintura como na escultura.
O mudbox é mais simples, pinta em camadas, em varios canais tambem(diffuse, bump, specular, etc) e trabalha com bitmaps no qual o tamanho e quantidade é limitado pela quatidade de memoria da placa de video que nutre tambem a quantidade de poligonos do modelo, é bom ter uma placa de video com muita memoria. Tem um sistema de brushes mais fraco comparado ao Zbrush mas um sistema de projeçao de texturas (stencil) mais simples e intuitiva.
O Bodypaint 3d é bem falado por ai mas, esse eu nunca usei pra poder comentar.
Bom, é isso aí que pude tirar da minha experiencia com os programas.
´´Ninguém escapa vivo dessa vida``