Oi Filipe, tudo bem?
Não sei se eu reproduzi corretamente o teste aqui, poque não deu o problema.
Fiz assim, criei um material com Checker fazendo listas finas e girando 30 graus para causar o problema de usar sem Super Sampling.
Renderizei e o resultado é este mostrado na imagem abaixo.
Depois liguei o Super Sampling com a opção Hammersley, o resultado foi este mostrado na imagem abaixo.
Até ai tudo bem, aconteceu o esperado, então criei um material Blend e coloquei uma cópia do material usado anteriormente com Super Sampling no Slot 1 e no Slot 2 do Blend, deixando o Mix Amount em 50.
O Super Sampling funcionou normalmente.
Então criei outro material Blend e coloquei uma instância do material com Super Sampling no Slot 1 e no Slot 2 do Blend, deixando o Mix Amount em 50.
Renderizei e o Super Sampling também funcionou normalmente.
Olha a imagem.
Se você fez diferente me fala, ou se quiser me manda no email o arquivo que dou uma olhada.
Abraços