Pois é, o Morph pega cada vértice e manda da posição A pra posição B... mas ele conta tb com o número de cada vértice, se fazer dois modelos com o mesmo n° de vertices já seria difícil, imagine que cada vértice deveria ter um número correspondente em cada modelo tudo + ou- na mesma posição e na mesma região...
Acho que o negócio seria desmembrar os dois moinhos em partes menores, e modelar cada uma dessas partes com a mesma topologia - mas tem que ser idêntica MESMO, tipo, até a ordem dos vértices, vértice 1, vértice 2, vértice 3 e por aí vai.
O melhor seria modelar uma forma intermediária contendo todos os vértices e edges necessários para fazer os detalhes de ambas as peças, e a partir desse modelo dar a forma da peça de cada moinho - mas sem adicionar nem retirar vértices, nem fazer cortes pra chegar ao resultado final de ambas - seria um bom desafio, o ideal seria fazer essa etapa num zbrush da vida, sempre lembrando de não subdividir a peça.
Com essas partes do moinho prontas, vc faz o morph entre as peças correspondentes e monta os moinhos utilizando links, SEM attach nem nada. Aí anima-se com keyframes qualquer mudança de posição dos componentes que possa acontecer na transição entre uma forma e outra.
Outra coisa que seria melhor não usar seria smoothing groups.
Acho que com um bom planejamento, com o desenho de cada componente bem definido pra criar uma topologia comum aos dois, é perfeitamente possível. Vc tem imagens de cada tipo de moinho pra se basear?