faz o seguinte, uma experiencia, primeiro vai la no modifier bevel que tem no seu shape e clica na luzinha do lado esquerdo pra desativalo temporariamente. depoi adicione um modifier extrude e veja se as faces ficam estranhas do mesmo jeito. se nao ficarem, o problema écom o bevel. la no seu bevel, vc deve estar usando um valor de outline para dar esse chanfro certo? o problem é que dependendo da curvatura do objeto as faces se cruzam e dá esse problema. tente aumentar o valor do campo "prevent lines from crossing" (ou algo assim) para ver se dá resultado. se vc necessitar de precisão muito grande, pode tb deixar o outline inicial como o inverso do outline que faz o chanfro, por exemplo, no level 2 tendo o outline -,5 vc colocaria no startoutline 0,5 saca, asism o objeto começaria ,5 unidades maior e zeraria no outline do level 2.
se der problema com a suavização das faces entre si é só aplicar um modifier smooth e ativar a opção auto smooth, resolve na maioria dos casos.
um abraço!!!