Oi Laio,
Envie sua dúvida para o André e essa é resposta dele.
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Oi, tudo bem?
Normalmente o 3ds max salva os novos atalhos na DefaultUI automaticamente, mas se isso não estiver acontecendo, você pode salvar manualmente.
Depois que definir os atalhos, clique no botão Save na parte de baixo do Customize User Interface, vai aparecer o nome DefaultUI, salve em cima deste arquivo, que é o arquivo que o programa lê na iniciação, assim, os atalhos personalizados serão lidos quando abrir o programa.
Este arquivo DefaultUI.kbd fica dentro da pasta do 3ds max > UI
Então, tem que salvar nesse lugar para ele ler quando iniciar.
Dependendo da configuração de usuários do seu Windows, pode não funcionar, neste caso é melhor você salvar todo o esquema de interface em vez de apenas os atalhos.
Para fazer isso, acesse o menu Customize > Save Custom UI Scheme, pois assim já vai abrir direto dentro da pasta do seu usuário no Windows, que normalmente fica dentro da pasta Users > SeuUsuário > AppData > Local > Autodesk > 3dsmax > ENU
Você pode salvar com o nome MaxStartUI.ui, que é o arquivo que ele lê na iniciação.
Mas antes de fazer tudo isso, verifique dentro do Customize> Preferences > General se está marcada a opção Save UI Configuration on Exit, pois se estiver habilitada é para salvar automaticamente qualquer configuração que fizer na interface.
Abraços e tudo de bom.
André Vieira