Bom você não tá usando nenhum modificador estranho, que pudesse ter uma seleção estranha. Somente um objeto em Poly.
Ali onde está escrito "Editable Poly", tem o "+" que ao clicar se espande e nos possibilita as seleções pro vértices, arestas, fazes, objetos.. enfim.. maneiras diferentes de trabalhar.
As vezes podes tar com a seleção Soft Selection selecionada, ele selecionará mais de 1 face, mas com forças diferentes, talvez esteja configurado um soft selection muito forte.
Outra possibilidade seja um possível erro na malha, onde há uma grande face atrás de outras com formato de arestas... enfim vc seleciona ao clicar a grande face atrás, parecendo ser uma seleção maior.
Valeu carinha