Na minha opinião, HD externo só é bom se você precisa transportar teus dados para outros computadores fora do local onde você trabalha. Mas é uma opção bem viável hoje em dia.
Se você não precisa de mobilidade, então é vantagem comprar um HD interno mesmo.
Bom, mas se você quer ganhar um pouco de agilidade na transferência de dados e ter um HD portátil, o negócio é comprar um case de HD com saida eSata e USB. Porém a eSata sua placa-mãe precisa ter essa saída no painel traseiro dela (onde você conecta teclado e mouse). Porém você deve estar me perguntando para que a saída USB, bom a USB é para computadores que não tem o eSata. O único inconveniente destes cases de HD é que precisa de uma fonte de alimentação, como a de um notebook, para que o HD funcione. Afinal ele é um HD interno em uma gaveta externa e ele precisa de energia para rodar, diferentemente dos HDs externos que funcionam como um pen-drive gigante.