OI Thiago, tudo bem?
Nas versões mais recentes do Max e do AutoCAD, não precisa mais exportar em 3DS, o Max abre o arquivo DWG numa boa, pode até fazer link entre os programas para respeitar modificações no projeto no CAD.
O esquema de Layers é o mesmo, a não ser que você marcou outra opção na importação, usando a opção padrão, cada Layer é tratado como um objeto.
Quanto as unidades, esse é um problema que todo mundo tem e se você der uma olhada aqui nas postagens do fórum, verá que já falamos bastante sobre isso e tem dicas muito importantes.
O ideal é não modifcar as unidades do Max, pelo menos até ter uma boa experiência com o programa, porque muda muito quando modifica as unidades, muitas coisas que não precisam ser configuradas, terão que ser modificadas para se adequar a escala que está usando, sem experiência no programa você encontrará muitos problemas.
Depois que estiver bem a vontade com o Max, você pode colocar na unidade que quiser e testar para ver o que precisa modificar na sua forma de trabalho e nas configurações dos recursos.
No início é melhor pegar o projeto importado do CAD e escalonar para ficar num tamanho legal na Viewport padrão do programa.
Leia esta explicação sobre importação do CAD para o Max: http://www.tresd1.com.br/frequentes.php?t=14688
Abraços