Oi gente, tudo bem?
Realmente não pode salvar o mapa de Final Gather e modificar a cena, porque vai usar o mapa salvo e não vai refletir as mudanças, vai criar defeitos.
Eu nem cogitei esta possibilidade antes porque é comum a qualquer render, quando salva um mapa ele guarda as configurações atuais, não pode modificar.
O importante para não ter problemas é apenas conhecer medianamente o Mental Ray e a criação de materiais.
Tem algumas pequenas restrições, como algumas composições com o material Architectural, Standard e Raytrace.
Você pode usar tudo numa boa, mas dependendo da forma que compor o material, pode ter problemas.
Não pode usar as gambiarras que eram normais no Scanline, tem que fazer da forma que antigamente era considerado mais pesado, porque no Mental Ray vai rápido e fica melhor.
Por exemplo, um objeto reflexivo no Scanline a gente preferia colocar uma imagem no reflexo em vez de colocar um Raytrace, para deixar mais rápido, mas no Mental Ray você pode colocar Raytrace sem problema, assim, se quiser pode aplicar a imagem no Environment do Raytrace, que fica mais correto e mais bonito.
Pense sempre desta forma que não tem erro, e conforme tiverem dúvidas, postem aqui que o pessoal vai ajudando.
Abraços