Oi Hifaces, tudo bem?
Depende muito do material que está usando.
Se for o Dielectric ou o Glass do Mental Ray, então, funciona como o Supermax disse, você precisa ajustar o valor do Persistence Distance para indicar a densidade do material.
Se for um material Raytrace, então, você pode controlar na cor Diffuse e na cor da transparência, mas o ideal é usar os recursos de coloração e fog como eu mostro neste tutorial: http://www.tresd1.com.br/conteudotutoriais.php?t=15321
No caso o tutorial fala sobre vidro, mas com água vai ser idêntico, só muda o valor do IOR, que na água é 1.333 e no vidro é 1.55
Agora, uma dica legal para água de piscina é aplicar o Shader Parti Volume no Slot Volume do menu Mental Ray Connection, assim, você cria o efeito realista de densidade da água, fica muito melhor e com ele você também coloca cor.
Abraços