se o que vc esta querendo é alinhar dois vertices, tipo um do corpo com um do braço, uma forma que eu sei de fazer isso (pode ser que nao seja a melhor) é assim:
ligar os snaps pivot e vertex. depois ir no menu hierarchy e escolher a opcao affect pivot only. depois alinhar os pivots das duas partes nos vertices em questao, usando como auxilio os snaps. desligar a opcao affect pivot only e pronto, é so colocar as mesmas coordenadas de um objeto no outro que vao se alinhar pois o pivot saiu do ponto inicial e esta nos locais de alinhamento. oputra coisa, se o objeto for unico, tipio as partes forem elements vc tera que dar um detach para um novo objeto para usar esta solucao.
Nao se se é isso que vc quer, se nao for faz o que disse, postando umas imagens, blz???
Sucesso!!!