Não pode trocar a escala no system units setup com objeto na cena, vai dar problema.
Pode trocar o units setup quando não tem nada na cena, antes de começar o trabalho.
Mas se você estiver adiantado e não quiser perder o que já fez, tem duas soluções.
A melhor é criar um arquivo novo com as unidades e escala certas e depois abrir o arquivo antigo.
Vai dar a mensagem de unidades, marca o reescale project, a primeira opção. Ele vai escalar os objetos para a unidade que configurou.
Outro jeito é criar um arquivo novo com as unidades certas, dar merge do arquivo antigo e aumentar com o scale até ficar certo.
OBS: Na vista user não vai cortar os objetos msm com a escala errada e no render tb não corta. Então dá para terminar o trabalho assim mesmo e mudar no próximo.