Não sou cliente da NVIDIA e nunca tive a oportunidade de ter em mãos o kit 3D Vision, portanto eu posso estar enganado.
Até onde eu sei, as lentes desse óculos não são polarizadas, diferente dos que usam em cinemas como o IMAX. O óculos 3D da NVIDIA é eletrônico e trabalha em sincronia com o processamento da placa de vídeo.
Porém, sei que o efeito só funciona apropriadamente com a instrução do software da NVIDIA, já que a alternância de suas lentes é sincronizada por este.
Você deve procurar algum recurso (algum programa) que permita a aplicação do software do 3D Vision para satisfazer sua necessidade.
Caso você queira fazer uma apresentação em tempo real, você pode usar um dos programas de passeio virtual disponíveis que já façam o uso apropriado do óculos.
Já caso você queira fazer uma animação em vídeo, pesquise por algum software que permita a execução de vídeos em formato próprio para o 3D Vision. Nesse caso, você teria que renderizar toda a animação duas vezes: uma versão destinada ao olho esquerdo e outra versão destinada ao olho direito, ambas utilizando duas câmeras virtuais que representem as posições dos olhos no ambiente. O tal programa faria a alternância entre os frames da câmera esquerda e o da câmera direita a par com as lentes do óculos, causando a ilusão de profundidade corretamente.