Veja abaixo o vídeo do Plug-in Stack N Pack que está sendo desenvolvido para o Substance Painter.

O Stack N Pack permite fazer o Merge automático de vários Texture Sets em apenas um, criando somente um atlas com todos os materiais aplicados no objeto como é comum em aplicações interativas

O desenvolvedor ainda não estimou a data de lançamento, mas disse que está na fase final.

Você pode ter mais informações sobre o Stack N Pack clicando aqui.