Esse problema do cotovelo deve ser ou o skin ou algum problema no twist bones do braço, isso é uma grande fonte de problemas pra ser sincero... eu não to acompanhando muito o tópico, então não sei como vc fez ele, mas tem que ver como esta o skin ness parte. Uma coisa é importante: o último bone dos que fazem o twist, aquele que fica junto do cotovelo, não deve girar com os outros, isso eu ja vi em alguns rigs ser uma grande fonte de problema e pode ser o teu caso olhando de novo as imagens.
Outra coisa que eu reparei, eu não vejo muito sentido naquele controle específico de torção da clavicula. Mas acho legal vc testar, animar e ver o que funciona melhor. Eu fui aprendendo na pratica pois trabalho mais com animação do que com rig, então sempre preferi simplificar e criar controladores daquilo que eu realmente vou usar e vai me ajudar na animação, se vc enche de controladores depois vc vai ver na animação como é fácil se perder. Então no máximo faz um controle simples de rotação da clavicula, tenta não complicar muito que depois na animação vc vai ver onde o bixo pega.
Tem coisas simples como o retangulo de pé que esta desalinhado com os bones, isso também pode trazer problema na animação, tenta deixar ele alinhando pq é ele que deve mandar no pé.
O ombro pra mim é uma das partes mais chatas de configurar, o ideal é ter outro twist bones que limite o quanto a parte de cima faça torção, junto com um auto-clavicle que também é um pouco chato, eu não iria nessa parte por agora, continua mandando ver que é com a pratica que a gente aprende. E o mais importante de tudo isso é animar bastante, assim vc vai ver o que funciona e o que não funciona e o que vai fazendo falta. ;)