Oi Abílio, tudo bem?
Eu nunca vi os arquivos sumirem assim se não são Cache, a não ser quando tem alguma infecção por vírus.
Não sei também se tem alguma coisa muito diferente nos Windows recentes porque eu ainda uso o Windows 7, que conheço bem e confio, mas mesmo assim eu mudo bastante as configurações dele depois da instalação, desbilito serviços que não preciso, fixo o tamanho do arquivo de Swap, desligo o hibernate para sempre, mudo o sistema de gerenciamento de energia, entre outros.
Atalhos de arquivos não ocupam espaço, então, é normal não mudar nada quando são deletados ou "somem", mas arquivos grandes sumirem e ainda não liberar o espaço para mim é coisa de vírus.
Se acontecesse no meu PC eu entraria em desespero, desligaria tudo, entraria pelo modo de segurança e passaria o Anti-vírus, conforme fosse eu formataria e reinstalaria a imagem do sistema.
Abração e tudo de bom.
André Vieira